Пролог игры представляет собой страшный сон главной героини Хизер, где она бродит по заброшенному, темному и населенному чудовищами парку развлечений, пытается спуститься по рельсам «американских горок» и мнимо погибает под колесами спускающейся вагонетки — в этот момент Хизер просыпается. Она находится в большом торговом центре уже перед самым закрытием.
Хизер намеревается отправиться домой. С ней пытается заговорить пожилой человек, представляющийся детективом Дугласом Картлендом, но Хизер сбегает от него и бродит по пустому торговому центру, постепенно погружающемуся в кошмарный потусторонний мир. Здесь, помимо чудовищ, загадок и следов насилия, Хизер встречает безумную женщину по имени Клаудия. Когда Хизер удается все-таки выбраться из кошмара в реальный мир, она оказывается у входа в торговый центр, где снова встречает Дугласа, и спускается в метро, где снова сталкивается с погружением в кошмар. На пути домой, пропутешествовав через темные потусторонние станции и туннели метро, канализацию и офисные здания, Хизер встречает ещё одного странного человека — некоего Винсента, постоянно обитающего в мире кошмаров и не испытывающего никаких неудобств. Наконец, Хизер удается выбраться в реальный мир и добраться до дома, где она обнаруживает своего отца убитым и сражается с его убийцей, похожим на человека монстром, действовавшим по приказу главы сатанинского культа Клаудии.
После смерти отца Хизер принимает помощь детектива Картленда и вместе с ним на автомобиле отправляется в город Сайлент-Хилл. Выясняется, что её отец - писатель Гарри Мэйсон, главный герой первой части серии, а сама Хизер - девочка Шерил из первой части, взявшая себе другое имя, чтобы порвать с прошлым. Теперь роль «божьей матери» перешла к Хизер.
Сайлент-Хилл заброшен. Хизер посещает сайлентхилльскую психиатрическую больницу Брукхэвен, где по телефону беседует с Леонардом Вульфом. Вульф оказывается отцом Клаудии и членом культа, неожиданно соглашающимся помочь ей, подарив могущественный артефакт под названием «Печать Метатрона», который он охраняет. Однако при личной встрече Хизер обнаруживает, что Леонард превратился в страшное чудовище, и убивает его.
Вернувшись с Печатью в мотель, Хизер застает там Винсента, который направляет её через парк развлечений, уже фигурировавший в снах Хизер, в церковь — центр пресловутого сатанинского культа, возглавляемого Клаудией. В ходе конфликта между Клаудией и Винсентом Клаудия убивает бывшего соратника, заколов его кинжалом. Хизер становится плохо, поскольку и правда обитающий внутри неё «Бог» пытается появиться на свет. Хизер вынуждена сразиться с чудовищным «Богом» и убить его.
У игры, как и предыдущих игр серии, несколько возможных концовок, выбор между которыми зависит от действий игрока.
«Normal» — единственно доступная при первом прохождении игры — Хизер и Дуглас благополучно покидают Сайлент-Хилл, возвращаясь к нормальной жизни. В титрах, Хезер стоит у могилы отца.
«Одержимая» - Дуглас погибает от рук одержимой не рожденным богом Хизер. Её лицо не показывается, в титрах чёрный экран.
«Месть» - шуточная концовка с участием инопланетян.
Хизер намеревается отправиться домой. С ней пытается заговорить пожилой человек, представляющийся детективом Дугласом Картлендом, но Хизер сбегает от него и бродит по пустому торговому центру, постепенно погружающемуся в кошмарный потусторонний мир. Здесь, помимо чудовищ, загадок и следов насилия, Хизер встречает безумную женщину по имени Клаудия. Когда Хизер удается все-таки выбраться из кошмара в реальный мир, она оказывается у входа в торговый центр, где снова встречает Дугласа, и спускается в метро, где снова сталкивается с погружением в кошмар. На пути домой, пропутешествовав через темные потусторонние станции и туннели метро, канализацию и офисные здания, Хизер встречает ещё одного странного человека — некоего Винсента, постоянно обитающего в мире кошмаров и не испытывающего никаких неудобств. Наконец, Хизер удается выбраться в реальный мир и добраться до дома, где она обнаруживает своего отца убитым и сражается с его убийцей, похожим на человека монстром, действовавшим по приказу главы сатанинского культа Клаудии.
После смерти отца Хизер принимает помощь детектива Картленда и вместе с ним на автомобиле отправляется в город Сайлент-Хилл. Выясняется, что её отец - писатель Гарри Мэйсон, главный герой первой части серии, а сама Хизер - девочка Шерил из первой части, взявшая себе другое имя, чтобы порвать с прошлым. Теперь роль «божьей матери» перешла к Хизер.
Сайлент-Хилл заброшен. Хизер посещает сайлентхилльскую психиатрическую больницу Брукхэвен, где по телефону беседует с Леонардом Вульфом. Вульф оказывается отцом Клаудии и членом культа, неожиданно соглашающимся помочь ей, подарив могущественный артефакт под названием «Печать Метатрона», который он охраняет. Однако при личной встрече Хизер обнаруживает, что Леонард превратился в страшное чудовище, и убивает его.
Вернувшись с Печатью в мотель, Хизер застает там Винсента, который направляет её через парк развлечений, уже фигурировавший в снах Хизер, в церковь — центр пресловутого сатанинского культа, возглавляемого Клаудией. В ходе конфликта между Клаудией и Винсентом Клаудия убивает бывшего соратника, заколов его кинжалом. Хизер становится плохо, поскольку и правда обитающий внутри неё «Бог» пытается появиться на свет. Хизер вынуждена сразиться с чудовищным «Богом» и убить его.
У игры, как и предыдущих игр серии, несколько возможных концовок, выбор между которыми зависит от действий игрока.
«Normal» — единственно доступная при первом прохождении игры — Хизер и Дуглас благополучно покидают Сайлент-Хилл, возвращаясь к нормальной жизни. В титрах, Хезер стоит у могилы отца.
«Одержимая» - Дуглас погибает от рук одержимой не рожденным богом Хизер. Её лицо не показывается, в титрах чёрный экран.
«Месть» - шуточная концовка с участием инопланетян.